主要分布于中國中部省份陜西，四川和湖北，呈不連續分布的少數種群，多見于稻田旁的水溝中，屬于中國特有種。

　　云南閉殼龜被發現和命名已有100年，但自G1A1Boulenger 1906年依據云南省6 號標本命名后，僅有張璽和成慶泰于1946年在昆明西山采集到1號標本的報道，此后58年間一直未再見活體報道。《中國瀕危動物紅皮書———兩棲爬行動物》將其列為野生絕滅種。

　　2004～2005年云南昆明先后發現2只(雌雄各1只)活體，這是半個多世紀以來發現的唯一經證實無誤的生活的云南閉殼龜。2006年，Torsten Blanck等報道了歷史背景、分布等狀況，并首次報道了云南閉殼龜的人工飼養和生長狀況：兩只龜生活在19～31℃水域中，沒有冬眠期，雌龜雜食性。[