馬來果龜幼體與成體的外觀差距較大，尤其是成體，外觀非常的奇特，因為其背甲是扁平的，就像是有人故意在其背甲上捏了一下，看上去既奇怪又很可愛。

　　馬來果龜的稚龜，它們擁有著亮黃色至蘋果綠色的背甲，是世界上最美麗的幼龜之一。成年的馬來果龜可以長到13"(32cm)。這種龜最明顯的特征是成體的時候，龜背是平的，上面可以跑汽車!另外一個顯著的特征是這種龜有六塊椎盾(就是龜背殼中軸線的殼)。所以也有人叫它“六板龜”。絕大多數龜類的椎盾都是五塊的。大多數的龜，包括巴西龜、草龜、楓葉龜、緬甸龜、黃喉擬水龜、鷹嘴龜。無一例外都是五塊椎盾，所以說算六塊椎盾是分辯這種龜最好的方法，就怕數學不過關。

　　馬來果龜可以通過扁平背甲上的6或7塊椎盾來辨別(所有其他的淡水龜類有5塊椎盾)。有一條較低的不連續的脊棱，扁平的背甲呈橄欖色、淺黃褐色或紅棕色，稚龜的背甲呈鮮綠色。頭部呈褐色，幼體有2條淺黃色的縱紋。腹甲上有不完全的鉸鏈結構，腳趾上有全蹼。除此之外，成年雄性的尾部顯得相對更長更粗，腹甲稍顯凹陷。