主要分布于我國廣東、廣西、云南、海南;中南半島、泰國、緬甸、印度、巴基斯坦、印尼、馬來西亞、菲律賓。水巨蜥幼體有鮮亮的斑紋，并且大多數時間棲息于樹上。水巨蜥比大多數其他巨蜥體溫低，小環境使得它們能保持相對恒溫。它們的代謝也比其他巨蜥慢，一天的大多數時間都躺在水岸附近并且在清晨活動。晚上躲藏在樹洞、洞穴或厚植被中。水巨蜥的洞穴到處可見，不同地方的水巨蜥有不同的活動習慣。成年水巨蜥一般生活于熱帶和亞熱帶的紅樹林、沼澤、山區的溪流附近，常到水中游泳，亦能攀附矮樹。以小型哺乳動物、兩棲類、爬行類、魚類、蛙類和腐尸為食，性情兇猛好斗。6～7月份產卵15～30枚于岸邊洞穴或樹洞中。雖然水巨蜥的體型長達2米，但它對人類——尤其是孩子特別溫順，完全沒有任何攻擊性。全世界至今尚無一例水巨蜥(包括野生的和家養寵物)的傷人記錄。除了溫順，水巨蜥還有另一個很獨特的特征——就是干凈。多數巨蜥身上帶有大量的細菌，但水巨蜥卻沒有，所以它非常的干凈。而且在所有蜥蜴中，水巨蜥身上的細菌是最少的，身上的的細菌數量僅為30個/平方厘米。