藥用部分胡黃連，善除濕熱，故主久痢成疳及冷熱泄痢，厚腸胃。傷寒咳嗽者，邪熱在手太陰、足陽明也。溫瘧骨蒸者，熱在骨間也。理腰腎、去陰汗者，腎虛濕熱下流客之，使熱伏腎間也。小兒驚癇、寒熱、不下食者，熱則生風，故發驚癇，熱在胃口，故不下食也。心主五色，脾胃主肌肉，二經濕熱去，則顏色自佳也。

　　本品與知母、青蒿、地骨皮、銀柴胡、秦艽、鱉甲等配伍，可治陰虛發熱，午后潮熱;與黃連、蘆薈等同用，可治小兒疳熱等癥。

　　本品性寒，入心肝二經血分，有退虛熱，除骨蒸，涼血清熱之功。治陰虛勞熱骨蒸，常與銀柴胡、地骨皮等同用，如清骨散(《證治準繩》)。

　　本品既能除小兒疳熱，又能清退虛熱，故可用于小兒疳積發熱，消化不良，腹脹體瘦，低熱不退等癥，常與黨參、白術、山楂等同用，如肥兒丸。

　　胡黃連與黃連，名稱相似且均為苦寒清熱燥濕之品，善除胃腸濕熱，同為治濕熱瀉痢之良藥。然胡黃連善退虛熱、除疳熱;而黃連則善清心火、瀉胃火，為解毒要藥。